Me parece que abrir un deposito con 40.000 no llama mucho la atención. Aclarando un poco tu pregunta creo que en el peor de los casos, si tu padre tiene justificacion de donde salio el dinero, lo que podria pasar es que hacienda considere esto como una donación y tuvieras que tributar por este impuesto.
La segunda parte es que dependiendo de la comunidad donde residas este hecho imponible pueda ser algo testimonial o no, ya que es un impuesto cedido a las comunidades y algunas en el caso de descendientes directos practicamente este hecho lo tienen exento en su casi totalidad. Dentro de estas se encuentra la Comunidad de Madrid, que creo que lo grava al 0,10%, vamos que es para llevar un control pero el coste es insignificante.
Saludos.