Es posible que con la rectificación hecha en la Agencia Tributaria el resultado de la misma sea igual. De todas formas, si tienes certificado digital o DNI-e, podrías mirar periódicamente en la Sede electrónica de la Agencia Tributaria por si han hecho algún documento de rectificación. Que tengan de plazo hasta cuatro años, no significa que no lo puedan hacer en tres meses (por ejemplo).
Y como ya has presentado la solicitud de rectificación, pienso que lo que te toca ahora es presionar ante el organismo que concede las becas.
Si has presentado alegaciones y no te las han admitido, supongo que podrás presentar recurso de reposición. Porque doy por sentado que por esos 250 de diferencia pasas de no tener derecho a la concesión de beca a tenerla. Yo en tu lugar iría por ahí.
Siendo ignorante en este tipo de asuntos, yo no trataría de devolver el importe que recibiste. A ver si te vas a quedar sin plan PIVE y sin beca.
Un saludo.