La mejor opción, como te apunta Jaimarca, es NO USAR Internet Explorer.
Si a pesar de todo quieres usarlo, prueba a activar el bloqueador de elementos emergentes del propio navegador.
Si usas IE8 entra en "Herramientas", "Opciones de Internet", pestaña de "Privacidad" y marca la casilla "Activar el bloqueador de elementos emergentes".
Esta opción bloqueará la mayoría de pop ups, incluso los que son útiles. En este caso puedes permitir los emergentes de determinadas páginas entrando en "configuración" (al lado de la casilla que te he indicado antes) y escribiendo la página web que quieres que pueda abrir pop ups.
Si no usas IE8, actualízalo inmediatamente: es el menos malo de la saga de navegadores del Señor de las Ventanas.
Un saludo