El desglose de la factura, efectivamente de la cantidad facturada (base imponible), habría que restar la retención que debe efectuar tu cliente (IRPF) y sumar el IVA correspondiente.
Las cantidades mensuales cobradas de IVA, deberías ingresarlas en la Agencia Tributaria trimestralmente mediante el modelo 303.
En cuanto a la cantidad por alta de autónomo:
"Durante el año 2012 la base elegida se situará entre una BASE MÍNIMA DE COTIZACIÓN de 850,20 euros mensuales y una base máxima de cotización de 3.262,50 euros mensuales."
Tipo de cotización.
"Durante el año 2012 en este Régimen Especial será el 29,80 por 100 o el 29,30 por ciento si el interesado está acogido al sistema de protección por cese de actividad. Cuando el interesado no tenga la protección por incapacidad temporal, en este Régimen el tipo de cotización será del 26,50 por ciento."
Fuente: http://www.seg-social.es/Internet_1/Trabajadores/CotizacionRecaudaci10777/Regimenes/RegimenEspecialTrab10724/TrabAutInfoGen2k9/DebeCoti2k9Cuant/index.htm
Saludos.