Supongo que un reconocimiento de deuda, sería en el caso de que tu le hicieses un préstamo a tu jefe. En el caso que tu expones si vas a tener una participación, lo normal sería valorar la empresa y en función de esa valoración determinar según tu aportación que porcentaje de participación te correspondería y una vez determinado este hecho, habría que modificar ante notario el cambio en el accionariado de la empresa.
Evidentemente para ti es más allá de pensar que el negocio tiene buenas perspectivas, es muy importante conocer la situación financiera real de la empresa, porque el negocio puede ser muy bueno, pero tu empresa o tu jefe pueden estar cargados de deudas y que tu dinero acabe sirviendo solo para hacer frente a esas deudas.
Como en cualquier inversión si no tienes todos estos aspectos muy claros, no inviertas. Por cierto piensa también cuales son los motivos para que tu jefe te haga esta oferta en este momento.
Saludos