Hola
Un cosa es lo que tú haces y otra cosa es la forma en la que hacienda obliga a contabilizar las operaciones.
En tu ejemplo, las acciones que de verdad vendes son las 2000 acciones del broker B, pero para hacienda serán las 1000 del broker A + 1000 del broker B. En tus registros, deberás de anotar el precio de compra de las 1000 acciones del broker A por el precio que costaron en el Broker B, para que el día que vayas a vender las acciones del Broker A no cometas el error de contabilizarlo al precio de compra original. Las acciones que te quedan después de la venta, las del broker A, se consideran compradas a 6€ (de cara a hacienda).
En estos casos conviene guardar bien la documentación por si luego hacienda pide justificantes , ya que tal vez el día que decidas vender las acciones del broker A a ellos no les cuadren los importes, y en caso de que no consideren bien justificado el precio de compra y venta, lo contabilizan a precio de compra 0€, es decir, aplican el impuesto sin contar el precio de compra, vamos, una salvajada.
Los brokers registran el precio de compra o venta que has hecho con ellos en la documentación que te envían o descargas de su plataforma o web. Si hay cruce de acciones con otros Brokers debido al método FIFO, es tú obligación contabilizarlo de forma correcta (forma correcta se entienda a como obliga hacienda) en la declaración de la renta. Los brokers no pueden saber lo que tienes en otros brokers.
Un saludo