Si tienes la seguridad que cumples con los requisitos para que tus rendimientos esten exentos, presentas la declaracion sin incluir estos rendimientos del trabajo, las retenciones es un dinero tuyo, que la empresa ha ingresado por tu cuenta, en el IRPF.
Para recuperar estas retenciones, debes presentar la declaracion, con el resto rentas que puedas tener y consignando solo los salarios que no esten exentos.
Si son todos los salarios declarados los que consideras que estan exentos, no consignas nada en Rendimientos del Trabajo, si consignando los Pagos a SS.SS. por tu cuenta como Gasto.
Como lo mas seguro que la AEAT te requiera una justificacion a la declaracion presentada, yo te aconsejo que tengas bien documentados los requisitos que cumples para esta exencion.
Yo hablaria con la empresa por si hay alguna circunstancia que no tengas en cuenta y que no cumplas para tener esta exencion.
Saludos