Ante la Administración Tributaria, el Ayuntamiento en este caso, en una operación de compraventa de un piso, es el vendedor quien está obligado a liquidar la plusvalía, el vendedor es el sujeto pasivo de este impuesto, cuya auténtica denominación es Impuesto sobre el Incremento del Valor de los Terrenos de Naturaleza Urbana (IIVTNU). Por tanto, tu Ayuntamiento no debería emitir a tu nombre ninguna liquidación por este impuesto, tú eres el comprador. (Te veo muy seguro de que debes pagar, pero podría ser que pienses erróneamente que la información verbal en la Notaría sobre el pago de la plusvalía iba dirigida a ti como comprador, cuando en realidad se dirigía al vendedor).
Cuestión distinta son las consecuencias privadas, entre el vendedor y tú, si en el contrato de compraventa pactasteis que el comprador se haría cargo del pago de la plusvalía. Revisa el contrato/escritura de compraventa para ver si recoge alguna cláusula en ese sentido y la forma de cumplir esa obligación. Si existe tal cláusula y encuentras dificultades en su interpretación, puedes transcribirla en este hilo para ver si podemos aportarte más información.
Si se confirmase que estás obligado al pago y hubiera de llegarte a casa alguna comunicación sobre ello, debería proceder de la Notaría (o Gestoría si la hubo) o del vendedor, no del Ayuntamiento. Si quieres consultar algo, dirígete en primer lugar a la Notaría, que fue donde, según dices, te informaron sobre tu obligación de pago. No obstante, yo sería prudente, no me apresuraría a pedir información a la Notaría (o a la Gestoría), no sea que levantes la liebre de que se han olvidado de reclamarte el reembolso del pago que alguien realizó previamente. La posibilidad de exigir el cumplimiento de las obligaciones prescribe, es decir, se extingue por el transcurso del tiempo, y han transcurrido ya tres años. Te sugiero que recabes antes de otras fuentes toda la información que se te ocurra.