En principio, sí, Pedrovich, se aplica el FIFO a la hora de identificar las 500 acciones. Ahora bien, puede haber una excepción. En tu descripción se deduce que las 1000 acciones que has vendido las compraste en diferentes paquetes y a diferentes precios. También es de suponer que la recompra la has realizado a menos de dos meses de la venta (en caso de acciones españolas) para que estemos hablando de la norma anti-aplicación. También supongo que no hay cambio de titularidad en la recompra, porque tampoco aplicaría la norma. Lo que no queda claro es si pierdes con el total de las 1000 o con todos y cada uno de los paquetes. Me explico.
Imagina que compraste 300 acciones a 12€, luego 400 a 9€ y finalmente otras 300 a 11€. Vendes las 1000 a 10€, de manera que pierdes con el primer y el tercer paquete, pero ganas con el segundo. Y compras 500 acciones nuevas. Por tanto, las 400 acciones del segundo paquete no se ven afectadas por la norma anti-aplicación y deberás consignarlas en un registro específico que será una ganancia patrimonial. Quedan las 300 del primer paquete y las 300 del segundo. Deberás, pues, consignar un registro para 300 acciones compradas a 12€ más 200 acciones compradas a 11€, que será una pérdida no compensable hasta que vendas las 500 nuevas. Y, finalmente, consignarás un tercer registro para 100 acciones compradas a 11€ que supondrá una pérdida patrimonial compensable.
Espero haber ayudado.
Si me he pasado de detalle porque ya sabías todo esto, puede que le ayude a otro.
Salud e ingresos.