Buenas Paqui y bienvenida a Rankia.
Lo primero de todo, te recomiendo que consultes el siguiente artículo: ¿Qué impuestos tengo que pagar al vender una vivienda?.
Los impuestos los tienes que pagar por la ganancia patrimonial que has generado con la compraventa de vivienda. Es decir la diferencia entre el valor de adquisición y el valor de transmisión de la vivienda, que no es exactamente los precios que pagaste, el cálculo es algo más complejo (se incluyen también los gastos). Ahora bien, si utilizas esas ganancias para reinvertir en vivienda habitual, el dinero que gastes en esa vivienda está exento de impuesto.
Tengo una pequeña/gran duda en si se restaría el importe que te quedaba de pagar por la hipoteca a la ganancia patrimonial. Se me escapa alguna cosa en temas de fiscalidad... Consulta este hilo, quizá te sirva: IRPF: reinversión vivienda habitual-ampliacion préstamo
Saludos!