En primer lugar espero que tu marido se mejore.
Yo lo que te puedo decir es que Muface se hace cargo de diversos grupos de funcionarios y aunque hay una legislación común para todos ellos, ciertos grupos tienen unas particularidades distintas al resto, asíque yo te hablaré de mi grupo, pero cógelo con pinzas.
A nosotros durante los 3 primeros meses no nos quitan nada del salario salvo la productividad (unos 40 euros o así al mes), es decir, nos queda el sueldo prácticamente íntegro y durante ese tiempo se hace cargo la administración de pagarlo.
A partir del 3 mes, Muface empieza a hacerse cargo del pago e imagino que de ahí vienen los 500 euros menos, ya que no paga el 100% del salario íntegro y así seguirá siendo hasta que se dé de alta.
Otra cosa que no me cuadra y no sé responderte, es porque si es una baja nueva no vuelve a contar todo desde 0, es decir, que la administración vuelva a pagar el salario íntegro durante los primeros 3 meses. Imagino que tu marido ha empalmado una baja con la otra o no ha cumplido el tiempo necesario dado de alta para volver a cobrar de la administración, eso deberías preguntarlo en Muface o en su puesto de trabajo.
De todas formas todo lo que te digo cógelo con pinzas porque cada grupo de funcionarios es un mundo. Espero que te sea de ayuda.