Te ha dicho que no puedes poner la vivienda en opcion 3 porque la vivienda esta destinada a vivienda habitual del inquilino y de la parte negativa te deduce el 60%, supongo que la casilla 3 sera para negocios o viviendas de temporada.
si podra ser negativo pero deberás señalar la casilla 1 o 2 si el uso a sido para vivienda, si marcas el 60 podra ser negativo, si marcas el 100 sera 0 y como dices si pones la 3 casilla pasara el importe integro negativo.
Buenas si lo haces con el programa padre, lo mas seguro, en bienes inmuebles no afectados a actividades economicas en uso pones la clave 3 "a disposicion de sus titulares y arrendado", luego le das a renta imputada y pones el valor catrastal y el numero de dias que el piso estuvo vacio, luego el alquiler lo pones en rendimiento neto reducido, ahi pones los dos tipos distintos de arrendamiento que as tenido con sus deducciones por seprado, el programa ya se encarga de sumar y restarlo todo.
La referencia catrastal la puedes sacar aqui http://www.sedecatastro.gob.es/ busca la direccion donde vives y seguramente tengas un numero de catrasto.
Pues solo podras deducirte lo del 60 %, tambien como gastos de deducibles tienes la amortizacion del inmueble que es el 3% del valor que te costo el piso y los gastos de adquisicion menos el valor del suelo. de esta manera te puede salir el rendimiento negativo y favorecerte en la declaracion.