Está todo correcto. Voy a ver si consigo explicartelo de forma sencilla.
Los bonos pagan intereses periódicos en forma de cupón. Por tanto, no es como las letras que se emiten al descuento, es decir, pagas un valor inferior a 1.000 euros y te devuelven 1.000 euros, y la diferencia es la rentabilidad de la letra. Aquí cobrarás cada año del bono unos intereses.
Teniendo esto claro, vamos a ver tu caso. De acuerdo a los datos de la última subasta, tu bono te pagará un cupón anual del 2,5 %. Pero has tenido que pagar para comprar ese bono un Precio medio de compra de 101,449 % (los precios de los bonos se dan en tanto por ciento). Entonces:
Bono = precio * valor unitario = (101,449/100) * 1000 = 1,01449 * 50 bonos (los 50.000 que pediste) = 50.724,5
Si depositaste 52.000 y tienes que pagar 50.724,5 para tener los bonos = 1275,5 € que es lo que te devuelve el Tesoro.
Esto tiene unas implicaciones. La rentabilidad de estos bonos es de 2,27% (en vez del 2,5% ya que has pagado un sobreprecio al principio). Y cuando te venzan los bonos, ese año en el IRPF tendrás que ver si te añaden en la declaración, o tienes que poner tú, que tienes una pérdida patrimonial consistente en que pagaste 50.724,5€ y solo te devuelven 50.000 €, es decir, pérdida de 724.5 €
Cualquier cosa que no entiendas de mi explicación me dices y veo si soy capaz de explicarlo mejor
