Buenas equinoxe,
las facturas a clientes particulares no llevan retención ya que esos particulares no presentan a Hacienda declaraciones por retenciones. Debes incluirlas siempre en facturas que emitas a otros autónomos (en actividades empresariales o profesionales) y a sociedades y personas jurídicas.
En tu caso ha habido una confusión y las consecuencias serían que no podrás deducirte el correspondiente porcentaje de IRPF.
El porcentaje de IRPF lo ingresa la empresa, o el autónomo (no el particular), a tu cuenta en haciendo y en tú declaración de renta anual tendrás a tu cuenta ya pagados todos los porcentajes de IRPF que hayan sido ingresados por las empresas o los autónomos en tu cuenta. De modo que ese porcentaje de IRPF emitido a un particular no podrás deducirtelo.
Saludos, espero que te sirva de ayuda. Disculpa el retraso.