Las obligaciones formales para las actividades económicas en estimación directa simplificada vienen recogidas en el artículo 68 del Reglamento del IRPF. En el siguiente enlace puedes ver el detalle en la pregunta 125594 del Informa.
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126594- OBLIGACIONES CONTABLES: PROFESIONAL EN ESTIMACIÓN DIRECTA
Pregunta
Obligaciones contables y registrales de los profesionales en régimen de estimación directa.
Respuesta
Los profesionales en estimación directa, en cualquiera de sus modalidades, estarán obligados a llevar los siguientes libros registros:
a) Libro registro de ingresos.
b) Libro registro de gastos.
c) Libro registro de bienes de inversión.
d) Libro registro de provisiones de fondos y suplidos.
No obstante, los contribuyentes que lleven la contabilidad según lo previsto en el Código de Comercio, no estarán obligados a llevar estos libros registros.
Normativa/Doctrina
Artículo 68 Real Decreto 439 / 2007 , de 30 de marzo de 2007 .
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No es obligatorio que el libro sea de color verde, además se pueden llevar informatizados.en hojas excel, lo único que hay que recoger es cada uno de los libros.
Por lo que se refiere a las facturas pueden mirarlas una a una o hacer un muestreo. El expediente que te han iniciado es una expediente de comprobación limitada y dependiendo del alcance del mismo, se pueden circunscribir a verificar la coincidencia de los gastos contabilizados con los declarados, además de comprobar la deducción en vivienda. Tienen 6 meses desde la iniciación del procedimiento para finalizarlo, no computando en este plazo las dilaciones imputables al contribuyente. Si la declaración resulta cantidad a devolver y esta se produce después del 31 de diciembre, se liquidará con intereses de demora.
Saludos.