La vivienda heredada es un bien privativo del heredero , no pertenece a la sociedad de gananciales.
La venta de esta vivienda la tienes declarar al 100% en tu declaración.
Ahora te parecerá extraño lo que te comentare a continuación , pero es la normativa fiscal.
Puede que esta amortización no la puedas aplicar como deducción fiscal , no solo tu esposa que en cualquier caso no podrá , sino tu mismo que eres el propietario de este bien vendido.
Existe el Art 70 de la Ley 35/2006 que te transcribo :
Artículo 70. Comprobación de la situación patrimonial.
1. "La aplicación de la deducción por inversión en vivienda y de la deducción por cuenta ahorro-empresa requerirá que el importe comprobado del patrimonio del contribuyente al finalizar el período de la imposición exceda del valor que arrojase su comprobación al comienzo del mismo al menos en la cuantía de las inversiones realizadas, sin computar los intereses y demás gastos de financiación.
2. A estos efectos, no se computarán los incrementos o disminuciones de valor experimentados durante el período impositivo por los elementos patrimoniales que al final del mismo sigan formando parte del patrimonio del contribuyente".
Esto en resumidas cuentas quiere decir que solo podrán ser objeto de deducción por inversión en vivienda , las cantidades que provienen de rentas del año.
Si tu cancelas una hipoteca con el producto de la venta de otra vivienda, estas cambiando patrimonio (vivienda vendida por nueva vivienda).
Tendrías que ver que comparando el patrimonio valorado al 01-01-12 ( o desde que heredaste la vivienda que vendes), con el patrimonio al 31-12-12 , ha experimentado una disminución equivalente a la amortización practicada , en cuyo caso no puedes deducirte por esta amortización ( con independencia de que esta el limite de 9.040 euros por declaración).
Saludos.
PD.- Ahora que me resulta desagradable comunicar estas legalidades , en el mismo día que nos enteramos, que un regalo de bodas de 32.000 euros, es aceptado con toda normalidad.