Diferencias permanentes negativas

Hola,

tengo una duda sobre las diferencias permanentes negativas. Entiendo que se dan cuando la base imponible calculada por Hacienda es mayor que la base imponible calculada por la empresa. Y las desviaciones, en este caso específico, estarían causadas porque el gurpo empresarial se adhiere a un régimen de exención de rentas provenientes del extranjero (artículo 50, del RDL 4/2004). Lo primero sería, ¿qué se paga, lo que calcula hacienda o lo que calcula la empresa? Mirando una empresa cotizada que tiene importantes diferencias permanentes acumuladas en los últimos 4 ejercicios, desde que obtuvo un cuantioso contrato en Venezuela (cubren por encima del beneficio neto de un año), ¿cuál debería ser la interpretación? Puede que este omitiendo datos, ya que mi fuerte no es la parte fiscal, así que facilitó el origen de la información, informes anuales entre los años 2009-2012 de MDF, consultable en la CNMV.

En fin, mi preocupación es sobre si es sostenible un tipo impositivo hiperreducido (el último año del 4%), y sobre si esto no revertirá en algún tipo de multa o cargas impositivas extraordinarias en el futuro.

Un saludo.

PD. Abró aquí el hilo, ya que considero es una consulta fiscal, aunque al ser de una empresa cotizada supongo es comprensible que pudiera ir en el foro de bolsa.