No comunicar situación de discapacidad en modelo 145

Buenos días.
Mi primo lleva trabajando en su empresa de contable quince años. El tema es que tiene una enfermedad rara desde pequeño que hace que tenga algunos problemas por ejemplo para hacer actividades de coger pesos, subir grandes escalones, agacharse o correr. Esta enfermedad no le impide para nada realizar su trabajo que lleva realizando desde siempre sin problemas.
Hace poco, ha conseguido que le reconozcan la discapacida que padece. Ahora no sabe si debe comunicar a su empresa esta situación ya que no desea entrar en situaciones de que comiencen a comportarse de forma diferente a la habitual.
Actualmente tiene una retención en nómina del 19.95% y según su nueva situación le correspondedería un 10,54%.
En su empresa tienen un sueldo liquido pactado lo que significa que si tiene que seguir cobrando lo mismo y baja la retención bajará el salario base las cotizaciones a la seguridad social etc. Y eso le perjudicaría totalmente.
La pregunta es: ¿Hay algún problema si la empresa le sigue reteniendo mas de lo que se debe? ¿Puede Hacienda emprender alguna acción por no comunicar datos correctos contra la Empresa o trabajador?
Cuando hace la declaración de la renta no tienen en cuenta la situación de discapacidad ya que la Empresa no lo ha puesto en el modelo 190 por lo que se ve obligado a aportar la documentación y que así se tenga en cuenta.
Gracias por vuestro interés

léete este hilo donde además se hace referencia a otro anterior sobre un caso similar.
https://www.rankia.com/foros/fiscalidad/temas/3411875-renta-2015-trabajador-activo-discapacitado

En principio, desde el punto de vista de Hacienda, el reglamento del IRPF estipula en su artículo 88
"Comunicación de datos del perceptor de rentas del trabajo a su pagador.

1. Los contribuyentes deberán comunicar al pagador la situación personal y familiar que influye en el importe excepcionado de retener, en la determinación del tipo de retención o en las regularizaciones de éste, quedando obligado asimismo el pagador a conservar la comunicación debidamente firmada."
Pero dado que a Hacienda solo le perjudica si el tipo de retención practicado es menor que si se hubiesen comunicado el cambio en las circunstancias personales o familiares, solo estipula sanción para este caso, que no es el de tu familiar.
Si aplica en el IRPF la deducción por trabajador discapacitado, probablemente se encuentre con una paralela de Hacienda o un requerimiento para que aporte la documentación.
Por otro lado, a la empresa tal vez le pueda causar un perjuicio si tiene más de 50 trabajadores y no tiene ya un 2% de trabajadores discapacitados en plantilla, como marca la ley, pues en tal caso seguramente tenga que realizar algún gasto para paliar esa circunstancia con donaciones a centros de discapacitados, etc.

Muchas gracias por tu ayuda. La verdad es que la Empresa es pequeña y ya tiene a otro discapacitado contratado. Mi Primo no quiere decir nada ya que se arriesga a que luego se le discrimine. Si se le aplicase una retención menor la Empresa podría no aumetarle el liquido sino reducir la base y de este modo él se vería perjudicado a la hora de hacer las declaraciones de Renta y de cotizar a la Seguridad Social.
He de aclarar que la discapacidad la tiene reconocida por Asuntos Sociales y no percibe ninguna pensión o ayuda.
Con todo lo que has comentado entiendo que como Hacienda en cierto modo se está beneficiando de recibir unas retenciones superiores a las que corresponderían no va a solicitar a la Empresa que se regularicen las retenciones y que como mucho pedirá justificación de la situación de discapacidad cuando se hagan las declaraciones de IRPF
Un saludo.