¿Estafar a través del IRPF?

Por lo que dices hay una disparidad de criterios entre la empresa y tú. Que la empresa utilice NEDAES u otro programa es irrelevante dado que es responsabilidad suya aplicar el porcentaje correcto.
Acabada la gestión personal con el servicio de nóminas, si quieres seguir con el asunto te toca hacerlo mediante notificaciones. Para ello deberás solicitar formalmente a la empresa que te aplique la retención legal de acuerdo con la aplicación de la AEAT, cuyo resultado tendrás que imprimir y adjuntar. Si la empresa te contesta negativamente o no te contesta, podrás presentar una reclamación económico administrativa (es gratis) en el correspondiente TEAR, adjuntando todos esos documentos.

Muchas gracias Juan por su aportación. 
Desconocía totalmente la existencia de los Tribunales Económico-Administrativos.
Aunque ya para un par de meses que le quedan al 2024 no sé si me va a compensar meterme con toda la burocracia que implicará.
Salu2, P.

A los buenos consejos e informaciones que te han dado, me permito añadir que revises estas cuestiones: 

a)      Retribuciones totales, íntegras, estimadas de 2024. Puede que tú no hayas tenido en cuenta el mismo importe anual que el calculado por la empresa. Que en tu cálculo, por olvido, no hayas incluido algún concepto retributivo o no lo hayas anualizado correctamente si no se percibe en todas las pagas, diferente importe de las pagas extras que las doce ordinarias, etc. 

b)     Cuotas Seguridad Social del trabajador (gastos deducibles). Idem que lo anterior. 

·        Si eres de Régimen General S.S., ten en cuenta que en las pagas extras no hay descuento de cuotas S.S. (su importe está prorrateado en las 12 ordinarias). 

·        Si eres del Régimen Especial S.S. de Funcionarios, ya sabes que en las extras también hay descuento de Muface y Clases Pasivas. 

Es raro que un programa de nóminas para empleados públicos de la Administración del Estado, el NEDAES que citas (Nómina Estándar Descentralizada de la Administración del Estado) determine erróneamente la retención de IRPF, pues tendrá integrado el módulo de cálculo de la AEAT. Aunque lógicamente no puede descartarse la existencia de errores en casos concretos. 

Muchas gracias por tu aportación.
Yo he utilizado el certificado de retenciones del 2023 de mi empresa para calcular el % del IRPF en la página de la agencia tributaria.
Mi situación no ha variado en algo con respecto al 2023, por lo que debería ser aprox. igual.
Salu2, P.

Tu situación no es más o menos igual. El salario de los empleados públicos de la Administración del Estado ha subido un 2% en 2024, y si tú eres uno de ellos también te tiene que subir la retención por IRPF en cómputo anual, que se traducirá en la subida de unas décimas en el tipo de retención mensual.
Como dicha subida del 2% no se aplicó desde la nómina de enero-2024, a primero de año no te subiría la retención al tipo que realmente te hubiera correspondido con el incremento del salario. Cuando te hayan pagado los atrasos -¿en julio o agosto 2024?-, te habrán regularizado con la modificación del tipo de retención, teniendo en cuenta que los siete u ocho primeros del año tuviste una inferior a la que realmente te hubiera correspondido, y por ello te habrán puesto desde entonces una un tanto superior a la que te hubiera correspondido si se hubiera cobrado la subida desde principio de año. En definitiva, con esa regularización que se realiza con el cambio de tipo retención, el importe anual retenido será el correcto conforme a la norma.