Duda sobre retiro en cartera indexada

Tu duda es correcta. Si reembolsas parte de uno de tus fondos, se venden las participaciones más antiguas de ese fondo, que quizás sean las que más plusvalías tengan. Se aplica un criterio FIFO a la hora de determinar qué participaciones vendes.
Si tienes plusvalías en las participaciones reembolsadas, tendrás que tributar por ellas -actualmente mínimo 19%-.

Alguno te dirá que puedes hacer algún truco, como traspasar parte de tus participaciones a otro fondo, te quedas sólo con las más recientes que puedes traspasar a un tercer fondo y venderlas (quizás generando menos plusvalías). Las participaciones más antiguas las traspasas de nuevo al primer fondo.
Otros te dirán que eso no deja de ser una elusión de tu carga fiscal -intentas retrasar el pago de impuestos- y no debes hacerlo.

En cualquier caso, teniendo un gasto importante a corto plazo, 1-2 años, también debes valorar que no sabes cómo va a evolucionar el mercado, puede que en ese plazo suba un +20% y -a toro pasado- te salga mejor seguir aportando al fondo, o puede que el fondo baje un -20% justo antes de reembolsar y te veas obligado a "vender con pérdidas" (realmente vendes las participaciones más antiguas que pueden estar en positivo).

También puedes pensar que si a largo plazo los mercados suben, mejor seguir aportando y si te pilla un bache en el peor momento, mala suerte. Lo que vayas aportando este año, ya lo rescatarás con beneficios dentro de 10 o 20 años.

Se le pueden dar todas las vueltas que quieras, pero creo que es una decisión personal, acorde con lo arriesgado/conservador que seas y quizás con las perspectivas que tengas sobre la evolución del mercado a corto plazo.

Tal vez para evitar ambas cosas (el tema fiscal y la posibilidad que apunta Kahoraho) podrías destinar las aportaciones a un fondo "de ahorro" de tipo defensivo/moderado.

El dinero que vayas a necesitar en 18 meses no debe estar en renta variable, porque corres el riesgo de que cuando vayas a vender tus 50k € sean 25k o menos. A nivel fiscal no te escapas de ninguna manera. 

Puedes hacer lo que te apetezca, seguir en RV, RF modificar tu cartera todas la veces que te apetezca y a la vez vas separando en dos fondos por ejemplo, las participaciones:
1)las que tengas pérdidas
2)las que tengan ganancias 
y de esta forma cuando necesites retirar una determinada cantidad de dinero reembolsas del grupo 1) con perdidas o bien con poca ganancia así te evitas pagar a hacienda o incluso tener pérdidas que puedes compensar en cuatro años con las participaciones de 2)

También diferenciaría entre prepararme para un gasto importante y un gasto enormemente importante.

Por ejemplo, puedo tener 100€ invertidos en fondos, capacidad de ahorrar 10€ anuales y prever un gasto de 15€ dentro de un año y medio. Quizás decida seguir aportando a mi cartera sin cambiar mi comportamiento.
Pero si tengo 100€ invertidos en fondos, capacidad de ahorro de 10€ anuales y preveo un gasto de 85€ en año y medio, me preocuparé por el perfil de riesgo de mi cartera, quizás mueva casi toda mi cartera hacia fondos mixtos defensivos o algo más conservador o piense en hacer un plan de reembolsos anticipados.

Cada persona y situación es diferente.

Gracias a todos por las respuestas, no voy a responder uno a uno porque quiero seguir leyendo opiniones; llevo años en esto y obviamente ni se trata de un gasto importante ni tengo previsto nada de esto en el futuro, entre otras cosas porque nada de lo que puedo necesitar está invertido (el colchón ya lo tengo en líquido por otro lado). 
Con la primera respuesta de @kakoraho confirmando que siempre se venden las participaciones más antiguas del fondo, me es suficiente para despejar las dudas más importantes.

Sigo leyendo :)

Gracias @valentin.   ¿Qué opinas de la idea de, en el caso de tener que retirar algo forzosamente porque te veas obligado, retirarlo únicamente de la parte de renta fija? ¿Cuadraría con tu criterio, si no he entendido mal?

Es decir, imaginemos que la cartera se compone de un 25% de renta fija, pongamos 25,000 euros de una cartera de 100,000. Si necesitase forzosamente coger 5000 o 10000 euros, ¿tendría sentido retirarlos exclusivamente del fondos o fondos de renta fija?

Debes mantener tu perfil de riesgo RV/RF 75%/25%

Ejemplo que expones: Cartera de 100.000 Euros y deseas retirar 10.000 Euros.
Se retira 7.500 Euros de la RV y 2.500 Euros de la RF

Saludos,
Valentin

Gracias @valentin, pero ¿puedo preguntar el motivo? Es decir, qué ventaja tiene retirar todo de a renta fija (y luego rebalancear yo a mi criterio) frente a retirarlo en la misma proporción (75-25) de la cartera

Porque la cartera debe reflejar tu perfil de riesgo. Y si tu perfil de riesgo se sitúa en un 75%/25%, deberíamos ser disciplinados y mantenerlo. El perfil de riesgo muestra el dolor que eres capaz de soportar frente a caídas fuertes de bolsa.

Saludos,
Valentin

Por supuesto, yo me refería a la hipotésis de solamente retirar las partidas de renta fija (por tener menos plusvalías) y luego lógicamentme rebalancear de nuevo para que la cartera esté como estaba antes

Sí, perfecto. Entiendo entonces que tu cartera indexada es de Fondos y no de ETFs.

Saludos,
Valentin

Es correcto. Y te agradezco mucho el compartir tu criterio y punto de vista.