No soy una experta del tema, pero creo que deberías redactar un contrato a parte de la vivienda vppl para el alquiler del garaje de precio libre. Por lo tanto, un contrato estándar valdría, en lugar del anexo que comentas. A ver si algún otro forero puede confirmarlo. En cuanto a la segunda pregunta, creo que este párrafo con la normativa de la comunidad de Madrid te sacará de dudas:
A partir del 1 de junio de 2013, para los contratos de arrendamiento que se celebren de edificios o viviendas, el propietario deberá disponer del Certificado de eficiencia energética (o una copia de éste) que deberá mostrar a cualquier arrendatario potencial interesado en la vivienda y debiendo entregar copia del certificado al arrendatario definitivo de la misma.