Problemas de espacio de almacenamiento - Discos duros

Se supone que en mi disco duro tengo 39 gigas libres pero cuando le meto archivos a este la transferencia de datos falla y se deja de escuchar que el disco duro esta trabajando, ahora bien, libero espacio, le meto de nuevo archivos y si se transfieren, el problema son esos 39 gigas que al parecer no se pueden utilizar o no sé a que se deba.  Alguien sabe cómo darle solución?