Solo se pueden considerar diferentes si la propiedad es diferente. Por ejemplo que una de las cuentas la tengas con tu pareja. En todo caso, estando todo en Myinvestor lo normal es que pudieran calcularlo. Aun con esas, yo preferiría evitarlo.
Pues por el criterio FIFO al vender, si tienes el mismo fondo en distintos comercializadores, es imposible que calcule las retenciones correctamente. Un link donde explican como funciona https://www.inbestme.com/es/es/blog/fiscalidad-fondos-de-inversion/Siempre puedes corregir el tema en la declaración, pero tendrás que llevar tu las cuentas.
Entiendo que en vuestro caso es difícil que el cliente lo pueda demostrar. Yo saqué este tema a raíz de la promoción de ing, como iban a saber si hace más de 10 años tuviste una cuenta? La única opción es la que tú dices pero es que o te pagan la promoción o si alegan que ya la tuviste le iba a salir muy caro el tema....