Con todos los bancos que he trabajado (tampoco han sido demasiados, la verdad) siempre he tenido la sensación de que un cosa es la comisión oficial publicada en las tarifas y otra la que finalmente te aplican por ser buen cliente y batallarla al director de la sucursal o al servicio de atención al cliente (si operas por Internet). Es decir, creo que prima la flexibilidad y más en una cultura bancaria como la española en la que la mayoría de comisiones son algo relativamente reciente (antes se trabajaba con tanto margen de intermediación que las comisiones eran nulas o muy bajas) y muchos clientes se pueden mosquear y darse de baja por un tema menor como una comisión.
Yo más que lo del "desnatado" que comentas creo que los bancos aplican la famosa regla del 80/20: El 80% de los beneficios se obtienen del 20% de los clientes (que son los realmente buenos para ellos y por los que un banco o caja está dispuesto a quitar la comisión que sea). Si tu no estás en ese 20% la comisión puede ser una invitación encubierta para que te vayas a trabajar con otra entidad, porque a ellos no les estás dejando la rentabilidad global que buscan.
PD.- ¿Qué ejemplos de comisiones "correctisimas" pondrías?