En principio tendrás que acudir a Servicios Sociales y que te hagan un seguimiento e informe de no parentesco ni vínculos alguno con esa otra persona, y una vez lo tengas comunicar a la Seguridad Social que otra persona se ha empadronado en tu dirección con la que no mantienes relación alguna (para lo cual acreditas dicho informe de Servicios Sociales) y que por favor, lo tengan en cuenta para cuando crucen información de ingresos y empadronamientos cuando corresponda... de todas formas, ya te digo que POSIBLEMENTE no le han a hacer ni puto caso, pero quedará constancia de que tú en fecha X ya les comunicaste dicho hecho, de forma que cuando te revisen en su momento empadronamientos y les salte alguna alerta al respecto y te lo notifiquen como un problema (suponiendo ocurra así en el peor de los casos), tú podrás acreditar que ya comunicaste dicho hecho en el pasado ¿comprendes?
P.D. Disponer de un contrato de alquiler de habitación individual (no de vivienda completa, sino de una habitación para tu uso privativo y resto de dependencias como uso compartido con otras posibles personas residentes) con fecha bastante anterior a la que esa otra persona se empadrone, y adjuntarlo a lo anterior que te he mencionado, también es un buen punto a favor en caso de problemas derivados por dicho acontecimiento en un futuro para que te den la razón y ver que actúas de buena fe.