Paso de Recargo equivalencia a IVA - ¿Gestor cenutrio? - autonomos

Buenas a todos, estoy en una situacion algo peliaguda. Tengo una tienda y estoy dado de alta como autonomo en estimacion directa simplificada (recargo de equivalencia). Hace 1 mes exactamente avise a mi gestor de que vamos a sobrepasar los 600 mil € y que nos tocaria pasar a hacer Estimacion Directa Normal (IVA). Le dije que mirara como seria el cambio, que pasaria con el material que tenemos ahora (ya que este material ha pagado un IVA y un recargo de equivalencia), si seria mejor SL o autonomo en IVA, etc.

Hoy dia 31 me ha avisado de que no lo tiene 100% claro pero que segun ha mirado el IVA y el recargo de equivalencia Hacienda no me los va a devolver y me los voy a tener que tragar. Vamos, que todo el material que tengo ahora y que me ha costado un 22% mas (18% + 4%) porque lo he comprado mientras estaba en EDS a partir del 1 de enero de 2012 que pasare a tributar por EDN no me lo devolveran y a parte al venderlo SI que tendre que repecutir el IVA. Vamos que perfectamente podria estar vendiendo sobre perdidas. Estoy buscando por Google desesperadamente y no encuentro nada al respecto. Si esta informacion fuera cierta me parece totalmente ilogico, ya que evidentemente Hacienda sale ganando por mucho y el coste del material que ahora tengo seria mas elevado de lo que deberia ser.

AYUDA POR FAVOR

Lo que dice la AEAT:
108026-CESE EN EL RÉGIMEN DEL RECARGO DE EQUIVALENCIA
Un sujeto pasivo que tributa en el régimen especial, a partir del 1 de enero pasa a tributar en régimen general por perder la condición de comerciante minorista. Obligaciones.
Cese por pérdida de la condición de comerciante minorista:

Debe presentar un inventario de existencias a día 31 de diciembre, en el plazo de 15 días.
Puede efectuar la deducción de la cuota resultante de aplicar al valor de adquisición de sus existencias inventariadas en la fecha de cese (IVA y recargo de equivalencia excluidos) los tipos del impuesto y recargo vigentes en dicha fecha. Esta deducción debe efectuarse en la declaración-liquidación correspondiente al período en que se haya producido el cese en el régimen, en este caso, será la declaración-liquidación correspondiente al primer trimestre del año.

Crack! gracias por la informacion Cachilipox.

Si se quiere pasar de Autónomo a SL pongamos en el mes de Septiembre, hay que inventariar igual y presentarlo a fin de mes o hay que esperar a fin de año para hacerse SL?

Gracias.