Autónomo y asalariado en erte a la vez.

No puedes hacer nada.
Te deberías haber dado de baja para tener derecho a la prestación por desempleo del ERTE.
Si el ERTE aun está vivo, y te das de baja ahora, aun puedes cobrar algo, de aquí en adelante. Lo de atrás, lo tienes totalmente perdido.
La prestación por desempleo y el alta en RETA son incompatibles.

Gracias. Es lo que me temía. 
Los tres meses que quedan de erte es parcial y no sé hasta que punto me compensa perder la bonificación si me doy de baja ahora y me engancho otra vez en octubre. 

Hola.
@franjgr
Te comento un caso : Trabajador que ha pasado al ERTE pero simultaneamente estuvo dado de alta de autónomo  hasta el 30 Abril,mas de años de antiguedad  , ayer en el SEPE le dijeron que no podía cobrar el ERTE porque era incompatible con el autónomo . 
ahora está a la espera que le llegue carta del SEPE para presentar alegaciones .
Que os parece este caso , que opción sería la mejor ? dado que se dio de baja del autónomo a finales de Abril . Echadme un poco de luz, por favor
Salud

Hola, te cuento mi caso. Soy autónoma desde hace 8 años para un pequeño negocio de venta directa que apenas me reporta beneficios, nunca me he beneficiado de una tarifa plana, es decir, siempre he pagado los casi 300€/mes. Para completar un salario digno, trabajo a jornada completa, mis 40 horas, en una empresa que en marzo me incluye en un Erte. Igual que a ti, me deniegan la prestación por Erte alegando el motivo de "figurar de alta por cuenta propia", sin facturación y sin ingresos, decido pedir la prestación de autónomos por cese de actividad y me han pagado abril, mayo y junio (663 €/mes). En julio solicito la prórroga de la prestación de autónomos ya que el negocio sigue sin facturar y me la deniegan por "figurar de alta en régimen general". Estoy a cuadros porque mi empresa me mantiene en Erte (sin cobrar), con pocas esperanzas de readmisión y ahora me encuentro con 0 ingresos. Estoy en búsqueda activa de empleo pero mi duda es si ¿tengo que presentar mi baja voluntaria en mi empresa perdiendo todos los derechos?. Me parece una injusticia lo que pasa con los autónomos. A ver si alguien me puede iluminar. Muchas gracias!

Ahora mismo estás en una situación de incompatibilidades cruzadas:
No tienes derecho a la prorroga extraordinaria de la prestación ordinaria de cese de actividad, por estar de alta en régimen general
No tienes derecho a la prestación por desempleo por estar de alta en autónomos.

Y dices que las perspectivas apuntan a ser nefastas.
Por lo tanto, sea por tu trabajo asalariado, sea por tu actividad económica, presumiblemente en pocos meses podrías estar en el supuesto de tener derecho a una prestación por desempleo ordinaria, o a una prestación por cese de actividad ordinaria.
Ambas dos son mutuamente incompatibles, y sigues arrastrando las incompatibilidades cruzadas de cotizar a ambos regímenes.

Analiza la situación, mira cual de las dos situaciones te podría significar una mayor prestación (en cuantía y en tiempo), y "sacrifica" la otra.

Muchas gracias por tu respuesta. Era lo que me temía aunque me siga pareciendo totalmente injusto. 
Sin perder tiempo me daré de baja en autónomos, ya que mi erte sigue vivo, pero la duda que me surge es si todavía podré cobrar esta prestación y si es así, ya que hasta final de agosto no tengo cita en el Sepe, ¿tendría que hacer una nueva demanda de empleo? 
Te veo muy enterad@ y quizás me sepas contestar.
Gracias! 

La prestación del ERTE va vía solicitud colectiva desde la empresa. 
Supongo (es un deseo, no una certeza) que el SEPE, al recibir la comunicación de baja de autónomos, automáticamente active y reconozca la prestación, desde que desaparezca la situación de incompatibilidad.
Aunque en principio no es un requisito obligatorio, parece ser que en algunos casos habían incidencias por no figurar los trabajadores en ERTE como solicitantes de empleo. Así que lo suyo sería que una vez te des de baja, curses tu solicitud de empleo en el servicio de empleo (que no es el SEPE, aunque trabajen en las mismas oficinas).

Eso es lo que haré. Muchas gracias por tu recomendación Cachilipox. Saludos!