Me pueden calcular baja médica en base a nómina desproporcionada? - salarios

Hola, 

Por un juicio de categoria con mi empresa que gané, en el mes de mayo me han ingresado la nómina con el salario habitual + los atrasos que se me debían. Ha resultado en una nómina totalmente desproporcionada de más de 7000€. 
Estoy embarazada y en este mes de junio tengo ya cita para coger la baja por enfermedad, y cuando nazca el bebé evidentemente el permiso de maternidad. 
La cuestión es: estando todo mezclado en mi nómina, y sabiendo que las bajas se calculan en base a lo cobrado el mes anterior, me van a calcular la baja en base a esta cifra de 7000€ o en base a mis 1000 y pico € que es mi salario normal? 
Me asusta que esto me provoque problemas con la seguridad social o con hacienda. Rollo que me paguen en base a ese salario y luego me digan que no me correspondía y me multen, o yo que sé. 
Qué puede pasar? 

Una cosa es el pago (todo de golpe), y otra muy diferente la forma de cotizarlo.
Supongo que al ser un pago devengado en un periodo superior al mes ordinario, la empresa lo cotizará de forma prorrateada por tantas mensualidades como corresponda.

Por otra parte, el cálculo de la base reguladora tiene sus propias normas, y se mira la base de cotización de uno u otro mes, según sea el caso.

Mi empresa es muy salchichera. Sinceramente dudo que hayan prorrateado por mensualidades como comentas. Tengo cita telefónica dentro de 15 días con la seguridad social y preguntaré... 

Por muy "salchichera" que sea, no creo que hayan hecho tal dislate.

A ti te iba a generar un pequeño problema, pero a ellos, la sanción de inspección de trabajo, iba a ser "bonita".

Explico:
Si la empresa declara y cotiza todo dentro del mes de mayo, en tu caso resultaría que tu base de cotización mes de mayo queda al máximo, pero por debajo de los 7.000 € que dices cobraste.

Seguridad social, viendo que esa base de cotización es absolutamente anómala respecto de las demás, no tendría en cuenta esos atrasos, y te reconocería una prestación solo por la base de cotización normal antigua (sin los atrasos). Demoras y retrasos aparte.

A la empresa, como con ese proceder se quedaría una parte del salario sin cotizar, le caería una sanción gorda por liquidar de forma errónea las cotizaciones, y dejar una parte de los pagos sin cotización.