La extinción de contrato FIJO-DISCONTINUO no consta en el SEPE.

¿Cuál puede ser el motivo de que el SEPE todavía NO tenga constancia de la extinción del contrato de fijo-discontinuo de un empleado que realizaba trabajo de temporada?

Es decir, cuando se acude al SEPE en la actualidad, a éste le aparece en su base de datos - todavía- el vínculo entre la persona (la cual rechazó el llamamiento hace 2 meses) y la empresa, lo cual, parece que bloquea otro tipo de trámites.

Gracias.

Pues porque puede que la empresa no haya considerado que ese no acudir al llamamiento constituya una causa de extinción del contrato.
El contrato FD puede seguir existiendo, a la espera de un nuevo llamamiento.

Hay convenios colectivos que regulan el plazo máximo de inactividad en que puede estar un trabajador, tras lo cual habría que extinguir el contrato. Hay otros convenios, o por decisión de la empresa, que contemplan que no acudir a un llamamiento es causa de rescisión y extinción del contrato. También hay trabajadores que no acuden al llamamiento y solicitan la dimisión/baja voluntaria.

En ausencia de esas casuísticas (convenio, consideración de causa disciplinaria por parte de la empresa, baja voluntaria), el contrato FD no se extingue, tan solo sigue en inactividad.

Eso sí, hay que notificar al SEPE que se llama al trabajador y este no acude.

Gracias @cachilipox pos su respuesta. 

El empleado dijo que NO al llamamiento en marzo o abril, la empresa lo ha notificado estos días pasados al SEPE (ante el aviso del empleado que se encontró con esta falta de notificación). Esta irregularidad o retraso y esta notificación de la empresa al SEPE con fecha de hace unos días ¿afecta en algo al empleado teniendo en cuenta que trabajó unos días a finales de mayo en otra empresa diferente?  

Las empresas deben notificar obligatoriamente al SEPE si se realiza el llamamiento, y si el trabajador acude al mismo o no acude.

Otra cosa distinta es si se rescinde el contrato, ya que entonces hay que efectuar varias notificaciones más:
Cese relación laboral a TGSS (con todo un batiburrillo de alta-baja-inactividad Z).
Extinción contrato y Certificado empresa al SEPE.

En caso de que el trabajador no acuda al llamamiento, a efectos del SEPE figuraría como que ya no estaría en situación legal de desempleo, pues si bien no estaría trabajando, ya no sería por causa ajena a su voluntad.
O sea, podría tener efectos respecto del derecho al cobro de una prestación de desempleo.

Pero, para poder RESCINDIR el contrato (que es lo que quiere el empleado) ¿sería necesario que estuviera de alta en el momento de la rescisión o extinción? lo que implicaría dar de alta (cotizando ese día) y dar de baja (voluntaria) el mismo día todo ello para poder efectuar la notificación a la TGSS y luego la Extinción de contrato y Certificado empresa al SEPE? ¿O no es necesario tal procedimiento?
 

Si es el empleado el que quiere rescindir el contrato, es una dimisión/baja voluntaria.
Hace falta notificar a la empresa, por escrito, esa voluntad de rescisión.
Entonces la empresa procede a dar de alta y de baja, a los solos efectos de poder mecanizar el fin del contrato y la causalidad (dimisión del trabajador).
A su vez, para que esa operativa no le cueste 1 día de cotización, debe solicitar que la propia TGSS anote una "Inactividad Z", y para eso, debe poder justificarlo con la comunicación por escrito del trabajador.
Una vez realizado ese trámite ante la TGSS, se puede realizar el trámite ante el SEPE, y emitir el correspondiente Certificado de empresa.
Y la relación laboral queda extinta y el expediente queda "limpio".

Eso sí, como esa baja es por voluntad del trabajador, hasta que no pasen x meses, el SEPE no reconocería un derecho a prestación por desempleo.

Gracias @@cachilipox por sus respuestas, perfectamente aclarado...saludos.