En la Sede Electrónica de la AEAT
https://www.agenciatributaria.gob.es/
En el apartado Trámites destacados/Presentar documentación relacionada con una notificación recibida de la AEAT
De momento para poder presentar la documentación, es necesario firma electrónica o Dni electrónico.
Hay que indicar el NCC (nº de certificado de correos, que viene en la carta de la propuesta de liquidación) y a partir de aquí se enlaza con el registro de entrada donde se puede adjuntar documentos, incluyendo las alegaciones que se realicen.
Hace algo menos de 1 mes se publicó en el BOE una resolución de la Presidencia de la AEAT
http://www.boe.es/aeboe/consultas/bases_datos/doc.php?id=BOE-A-2011-18763
Es posible que en breve y para actos de mero trámite, se pueda contestar la documentación sin necesidad de la firma o DniE utilizando simplemente el CSV y en su caso el NCC, pero esto de momento no se encuentra habilitado en la página de la AEAT.
Saludos.