Modelo 349. Sanción por presentarlo fuera de plazo

Entendí que no siendo operador intracomunitario no tenía por qué presentar el modelo 349. El año pasado inicié la actividad y desde entonces las facturas de la UE que he recibido me han venido con su IVA repercutido por lo que decidí solicitar el alta en el ROI (para no tener que soportar ese IVA). Fue entonces cuando en Hacienda me dijeron que para tramitar dicha gestión debía presentarles los modelos 349 de las operaciones intracomunitarias que hubiera tenido. Cosa que hice a fin de año. El resultado es que por fin, me lo han concedido pero me han multado por presentar el 349 fuera de plazo.
Estoy por aceptar la sanción (algo más de 100€ por cada uno, descuento incluido) y no presentar alegación ninguna, pero no me parece justo dadas las circunstancias. ¿Tendría base alegar lo que aquí digo para evitar la sanción? Gracias