Bueno, yo iría a la fácil, que facture el cónyuge titular del bien y se de alta como arredandor. Modelos 036 y 037. No te hace falta una Comunidad por esas cantidades, te va a complicar la vida. Luego ya en IRPF vais viendo.
En cuanto a tu otra duda, vamos a ver. Lo que tu declaras en el trimestral de IVA es el IVA (Modelo 303), por tanto la Renta del alquiler y la Retención si que la declaras en el IRPF anual, va por su lado, no es que, como piensas, por que hagas IVA ya no tiene impacto en IRPF. No, no.
Pongo un un ejemplo y así lo ves mejor. Esta es basicamente la factura que en condiciones normales tu vas a presentar a tu inquilino, con los datos NIFs y demás:
Renta neta pactada (sin IVA).............. 800€
Retención 19% (800x19%)..................(-152€)
Subtotal..................................648€
IVA 21% sobre la renta neta (800x21%).....168€
TOTAL RECIBIDO POR EL ARRENDADOR......... 816€
En tus declaraciones de IVA trimestrales (Modelo 303) tu vas a jugar con esos 168€, (por tres meses como es trimestral = 504€), y a esos 504€ le restarás los IVAs soportados con derecho a deducción, y te saldrá una cantidad a pagar a Hacienda o a Devolver, puedes pedir que te la devuelvan o dejarla a compensar para próximos trimestres.
Luego en el IRPF de toda la vida tu declararás tus ingresos, tu trabajo, depósitos, intereses, etc...y la renta real sin IVA de tu Alquiler (menos los gastos deducibles según el impuesto del IRPF), y básicamente y resumiendo te da un cantidad como ingreso...después a la cantidad que salga se le quitarán las retenciones tanto de tu trabajo como las del alquiler (los 152€ que metes cada mes en tu factura, que no cobras, y que debe ingresar el inquilino-empresa en Hacienda, incluso es probable que como empresa te de un certificado de retenciones cuando sea preciso).
Entiendo que la empresa que ha alquilado la oficina no es de las que no tienen que estar sometido a retencion. Hay algunas que estan exentas y algunos casos tambien. Pero bueno te he puesto ahí la regla general y lo que suele pasar en alquiler de locales y oficinas cuando se alquila a una empresa y el propietario es persona física.
En fin, ya con esto tienes la base y una orientación, pero... que haria yo?...pues teniendo en cuenta que es una empresa y vais a formalizar el contrato de arrendamiento lo mas normal ante un abogado o su gestor...pues... es importante que preguntes a ellos (que seguro que saben como va) y dejéis claro en contrato "quien paga qué". Porque si en contrato dice que las basuras, por ejemplo, las pagas tu y que las repercutes a ellos si después en las facturas que les hagas mensuales no lo pones (las basuras), si viniera Hacienda te podrá decir que has cobrado menos IVA del debido y que por tanto lo pagas tu.
Como ves alquilar oficina o local a empresa no todo es ingreso, tienes deberes fiscales te convierte en un minigestor y en un recaudador de IVA para Hacienda,...pero si son majos los inquilinos lo mismo te ayudan con la facturación al principio (también a ellos les interesa que las facturas sean correctas), hasta que te hagas con la canción, es sencillo.
Chao.