Cuando tú solicitas un fraccionamiento (tú , no Hacienda, ni nadie más: eres tú quien lo ha pedido) estás solicitando también que, si hay cualquier crédito a tu favor, se compense con tu deuda. Léete lo que firmaste, allí viene expresamente recogido.
Es decir: eres tú quien ha pedido a la AEAT que coja los 100 euros que te pagan, cada mes, para cancelar tu deuda.
Ese dinero irá descontando el importe de lo que debes. Así, si, por ejemplo, tu deuda es de 800 euros y el fraccionamiento es a pagar 100 al mes desde enero, cuando empieces a pagar los plazos ya quedarán sólo 600 y, además, en lugar de acabar de pagar en agosto, acabarás en marzo, ahorrándote los intereses de 5 meses.
Todos ganamos: tú pagas menos intereses y los ciudadanos obtenemos cuanto antes lo que es nuestro.