Gracias Fernando, efectivamente gran perdida de tiempo, lo he conseguido borrando todos los inmuebles que se habían descargado de los datos fiscales, guardando la declaración, abriendola y metiendolos todos a mano.
Escribí al soporte de la aeat y me contestaron lo mismo que me comentas, por suerte no hizo falta rehacerla entera
"Buenos días:
Las incidencias que hemos tenidos con este mensaje de error se han solucionado dando de alta una nueva declaración desde el principio.
Entre en "Borrador/declaración (Renta WEB)" del apartado "Servicios disponibles" en su expediente, en la ventana que se abre haga clic en "Nueva declaración".
Disculpe la molestias.
Atentamente,
Soporte informático de la AEAT"