Si no recuerdo mal, no eran dos las opciones, sino tres (y las posibles mezclas intermedias). Se trataba de una ampliación liberada de capital, con compromiso de recompra de los derechos a un precio prefijado por parte del Santander (este sistema también le ha adoptado Iberdrola). Por tanto las opciones eran:
1.- Suscribir la ampliación. Las acciones entregadas "heredan" como fecha de adquisición la fecha de compra de las acciones que originan el derecho a percibirlas. Y el valor de adquisición de las acciones antiguas debe repartirse ahora entre esas acciones antiguas y las nuevas entregadas.
2.- Vender los derechos de suscripción en el mercado, en el tiempo en el que dura la ampliación. El importe obtenido en esa venta minora el valor de adquisición de las acciones que originan esos derechos, hasta que ese valor se anule, tributando el exceso como ganancia derivada de transmisión. Lo más probable es que en las acciones del Santander todavía no se anule ese valor de adquisición, por tanto, en los propios controles hay que anotar un nuevo valor de adquisición de las acciones que se tengan en cartera, pero no hay que declarar nada en IRPF hasta que no vendas esas acciones.
3.- Acudir al compromiso de compra del Santander, al precio prefijado. El importe que nos corresponda tributa como un dividendo más, sujeto a retención a cuenta, y con la posibilidad de incluirlo en la exención de hasta 1.500 euros si se cumple el plazo de mantenimiento de las acciones.
Por supuesto, mucho mejor que yo, lo explica la Administración, en esta consulta vinculante:
http://petete.meh.es/Scripts/know3.exe/tributos/CONSUVIN/texto.htm?NDoc=14777&Consulta=v%31%37%37%37%2D0%39&Pos=0&UD=1
Saludos.