Selaracion de bienes durante el matrimonio

Mi esposa y yo nos casamos fuera de España pero dentro de la UE en la situación de ganancias matrimoniales.

Aún no hemos registrado el matrimonio en España pero lo haremos a través de la embajada en el país. 

Mi pregunta es, cuando registremos el matrimonio en España (en Baleares se mantiene el regimen de Separación de Bienes) pero resulta que en el país de origen el regimen es ganancias matrimoniales. En tal caso cual prevalece y en el caso que queramos separación de bienes no hay problema en hacerlo durante el matrimonio o prevalece si se registra en Baleares? 

Saludos