Hola,
Si eres un empresario o profesional en el ejercicio de su actividad (parece que sí, puesto que estás incluido en el Censo de Empresarios, Profesionales y Retenedores de la AEAT), el edificio está afecto a tu actividad empresarial y la venta del mismo se enclava en una segunda transmisión (también es así, puesto que indicas que no fuiste el promotor del local), la operación esta sujeta a IVA pero exenta, tributando entonces por ITP.
Ahora bien, si el adquiriente también es empresario, va a dedicar dicho local a su actividad y, por tanto, puede desgravarse el IVA de la adquisición (esto le permite adquirir a coste cero, sin Impuesto alguno, ya que el ITP no es recuperable, al contrario que el IVA), efectivamente puede renunciar a la exención, tributando la operación por dicho Impuesto. En ese caso, efectivamente, debes emitir una factura -no ser autónomo no es impedimento alguno- pero sin IVA, puesto que esta operación está sujeta a la inversión del sujeto pasivo -debes indicarlo así en la factura-, es decir, el adquiriente es el que debe declarar "e ingresar" el IVA (esto nunca ocurrirá, porque en la declaración fiscal será un IVA devengado que a la vez soporta y puede deducir, siendo la operación neutra), en lugar de proceder como haces con el resto de operaciones, en el que tú lo recaudas de tus clientes y lo ingresas.
Por tanto, lo que indicas es parcialmente correcto: en la escritura se indicará que el comprador renuncia a la exención en el IVA, la operación entonces se documenta con una factura que emites tú -además de la Escritura- y en la misma no se devenga IVA alguno ya que será el adquiriente el obligado a cumplimentar las cuestiones formales de dicho acto, debido a la Inversión del Sujeto Pasivo que se produce, literal que se deberá incluir en la factura.
Espero que así te haya quedado más claro,
Cualquier cuestión adicional no dudes en plantearla.
Un saludo,