Herencia con parte del saldo de la cuenta que no es de la persona fallecida.

OK. Está claro que ese reembolso es tuyo. Lo primero es acreditarlo ante el banco con la documentación justificativa de que el fondo era solamente tuyo. Cuando lo acredites ante el banco, éste tendrá que expedir otro certificado donde atribuya el 50% a cada titular previo descuento del reembolso del fondo.
Aclarado todo eso, lo más recomendable es retirar ese dinero para evitar otro conflicto con los herederos.

Gracias por la ayuda. No hay mas herederos y en la cuenta solo éramos titulares mi madre y yo.  El tema es por hacer las cosas bien y tenerlo justificado ante hacienda por si hiciese falta.

Para justificarlo ante Hacienda, el banco tiene que darte un nuevo certificado donde atribuya a tu madre el 50% previo descuento del reembolso y a ti el otro 50% más el reembolso. Supongo que necesitas ese certificado para presentar el Impuesto de Sucesiones.

Si así es. 
Lo que no sé si valdría el certificado que emitieron originalmente mas un certificado emitido por la entidad justificando que ese importe viene del reembolso del FI que no hay problema en que me lo hagan o tendría que ser un nuevo certificado de saldos con las cantidades como tu me dices.

Lo mejor sería un nuevo certificado. Hacienda, a veces, no ve con buenos ojos los añadidos al certificado original.

En Madrid.
Impuesto de sucesiones, es irrelevante poner un saldo en el banco de 2000 o de 300000 euros, se paga muy poco.
Escritura de aceptación, también es irrelevante varia muy poco el coste.
La cuenta del banco desde el fallecimiento a la aceptación puede variar muchísimo.
Hacienda no interviene para nada en el tema del dinero ni se le informa tampoco.
¿Que es lo que te preocupa?

Si en Madrid es irrelevante pero no todo el mundo viven en Madrid. ¿Y en Asturias?.