Problema con saldos - contabilidad

Buenos días, trabajo en un centro infantil gestionado por una asociación sin ánimo de lucro.La contabilidad es muy sencilla, compras a los mismos proveedores, pagos de cuotas de alumnos, pagos de nóminas, pago a gestoría, IRPF, seguridad social e ingresos de la junta de la comunidad autónoma, todo ello sin tener que contabilizar IVA. Los asientos son los de siempre, el problema está que he hecho el balance de sumas y saldos y los saldos de los bancos aparecen en negativo, he mirado y vuelto a mirar y no sé a qué puede deberse. ¿Alguien puede ayudarme? Muchas gracias y saludos.

saca la cuenta contable movimientos y puntealo extracto banco y veras el error

Ideas:

Supongo que punteado está 

1 - Algunos programas, tienen una función de recálculo de acumulados, a veces "el sistema" se lía solo por temas de anulaciones o modificaciones. 

2 - Que tengas algunos apuntes al revés. haber por debe, o debe por haber. 

Muchas gracias a los dos, el programa es Contaplus, nos sé si en este programa se da el caso que dices W.Petersen, pero no encuentro el error. ¿Puede deberse al asiento de apertura y que de ahí arrastre el fallo? Antes que yo había otra persona ¿quizás venga de dicho asiento?

si partes de un saldo contable en la cuenta de bancos erronea normal que no te coincida...yo miraria exactamente el importe y si es pequeño y para igualarlo al extracto bancario has de reducir jugaria con la cuenta de comisiones bancarias 62600 a 57200 por ese importe y asi lo cuadraria

Hace muchos años que no utilizo el contaplus, en la empresa tenemos un programa bastante más complejo ... puede ser lo de la apertura !!!!  pero si es eso, lo tienes fácil, puntear el saldo inicial ....