Proveedor Intracomunitario, IVA y material extraviado por el transporte.

Buenos días, 
Tenemos relación comercial con una empresa italiana que nos suministró un determinado material que fue extraviado por nuestra agencia de transporte. Al ir el transporte a nuestro cargo, le tenemos que pagar a nuestro proveedor su factura, pero hoy nos ha enviado un abono por el total y un nuevo cargo del mismo importe, pero cargando el IVA italiano (22%). Dice que, al no poder demostrar la salida de ese material de su país, no tiene otra opción que hacer esto. 
Esto es así? Tengo que pagar el material extraviado con el IVA italiano? 
Ya hemos hecho las gestiones oportunas con nuestra agencia de transporte para reclamar una indemnización, pero va a ser una mínima parte del importe de la factura, vamos a tener que comprar el material de nuevo y encima pagar el IVA italiano que no nos podremos deducir...  No lo veo claro. 

Muchas gracias!

Ponte en el otro lado de la ecuación:
Tu eres un suministrador italiano, y te aparece una empresa española que dice que necesita unos determinados bienes. Se los vendes, exentos de IVA por ser operación intracomunitaria. Luego va esa empresa española y dice que los ha extraviado. Puede ser, o puede no ser. 
Respecto de tu propia hacienda (italiana), l'Agenzia delle Entrate, si no puedes justificar que esos bienes han llegado a otro lugar de Europa, donde se les ha aplicado su correspondiente IVA, se entiende que debes aplicarles el IVA italiano. Lo contrario sería aceptar que hay un conjunto de bienes circulando quizás por Italia, libres de IVA.
Aquí quien ha cometido un error grave sois vosotros, al ser vuestra agencia de transporte. El proveedor italiano es responsable hasta donde es responsable.
Quizás deberíais haber estudiado las derivadas del azufre de los incoterms, y sus implicaciones a efectos de operaciones intracomunitarias.....

Puedes probar a pedir la devolución del IVA soportado en Italia a través de un modelo 360, con la factura y el pago, y la justificación del extravío de la mercancía para explicar por qué esa empresa te ha facturado con IVA italiano en lugar de considerarlo una operación intracomunitaria. No lo garantizo, pero yo por lo menos lo intentaría.

Tienes información al respecto aquí:
 https://www.agenciatributaria.gob.es/AEAT.sede/Inicio/Procedimientos_y_Servicios/Impuestos_y_Tasas/IVA/Modelo_360_Modelo_____os_en_el_territorio_en_el_que_soportan_el_Impuesto/Tramites/MODELO_360__Solicitudes_de_devolucion_del_IVA_soportado_en_otros_Estados/MODELO_360__Solicitudes_de_devolucion_del_IVA_soportado_en_otros_Estados.shtml 

Saludos.