Como funciona exactamente, no lo se.
Pero hay varios considerandos:
.- Por una parte, el concepto de venta intracomunitaria a distancia tiene un umbral de 10.000 € acumulados de ventas.
Si en todo un año no superas eso, en principio te quedas igual que estabas, tributando solo en tu país de origen. Si superas ese volumen de ventas, debes optar por uno de los dos sistemas:
O Ventanilla única de IVA, o liquidar IVA Estado por Estado.
.- Por otra parte, el régimen de RE es de obligado cumplimiento para todas aquellas personas físicas (no jurídicas) que estén matriculadas bajo un epígrafe de Venta Minorista en el IAE.
Los epígrafes de venta minorista del IAE NO FACULTAN para "exportar" (vender bienes a clientes no residentes, salvo que sea en régimen de viajeros -turistas-). Si se pretende realizar ventas "de exportación", según el IAE se debe figurar en un epígrafe de Venta al por mayor.
Los epígrafes de venta al por mayor NO están sujetos al RE, no soportas un recargo, y las cuotas del IVA soportado son deducibles de tus IVAs devengados.
Eso sí, debes liquidar tus impuestos por estimación directa, tanto IRPF como IVA, y llevar unos libros registro de contabilidad mínimamente ordenados.
O sea, supongo (es una mera elucubración) que para hacienda no hay problema ni conflicto, ya que:
.- Si actúas como verdadero minorista (sin estar facultado a "exportar"), tienes una especie de franquicia de hasta 10.000 de ventas al exterior sin que eso te haga salir del régimen de IVA español al que estás sujeto.
.- Si realmente tu volumen de ventas al exterior es significativo, y por tanto deberías acogerte o a la Ventanilla única o a liquidar individualmente Estado por Estado, es que realmente eres comerciante al por mayor (facultado a "exportar"), y en consecuencia deberías salir del RE.
En el primer supuesto (ventas ocasionales con un importe pequeño en el acumulado), ese IVA que recaudas de las ventas no lo tienes que liquidar a nadie. No a las haciendas de los países de los clientes (pues al no superar los 10.000 € de ventas, estás en la franquicia), y tampoco a la hacienda española, pues al estar en RE ya pagas un recargo "a cuenta" en todas tus adquisiciones de bienes para vender.
En el segundo caso, donde SÍ debes liquidar y entregar esos IVAs que recaudas de los clientes intracomunitarios, deberías salir del RE, y pasar a régimen general y estimación directa. No pagarías un recargo de IVA, y tus cuotas de IVA de las adquisiciones serían deducibles de los IVAS devengados de las ventas.
Y tercera opción, mantener venta minorista, pero canalizar esas ventas a distancia mediante una persona jurídica (lo clásico, una SL). Las personas jurídicas no están sujetas al RE, sino al régimen general. En este caso, aunque el IAE no faculte para "exportar", da lo mismo. No pagas recargo por las adquisiciones al mayorista, pero debes liquidar TODOS los IVAs devengados de las ventas, deduciendo obviamente los IVAs soportados en las compras.
En resumen, venta a distancia intracomunitaria y RE es como muy mala combinación, además de ser de dudosa legalidad.
Pero eso no impide que un pequeño comerciante, siga manteniéndose como persona física (y epígrafe de venta al por mayor), o sea operando mediante una entidad mercantil, sí pueda simultanear su actividad comercial interior e intracomunitaria a la vez, sin que eso le suponga un repago de IVAs.
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!