Correcto: el inmueble que se queda el marido lo declarará como 2 inmuebles diferentes, cada uno con sus fechas, uno al 50% y, otro, al 100. No hay problema en poner en ambos casos que se trata de la vivienda habitual. El otro inmueble, lo declarará al 50% por los días en que fue de su propiedad, y, después, nada.
La opción de " vivienda en que residen hijos y ex cónyuge" es para los casos en que, aunque un inmueble sigue siendo propiedad tuya (entero o un porcentaje), en él se quedan a vivir tus hijos con el ex que tiene su custodia; es una forma de evitar que tengas que pagar imputación inmobiliaria por una casa que, aunque es de tu propiedad, no está a tu disposición ni es tu vivienda habitual por orden de un juez.