¿Cómo se valora y justifica la ampliación de una vivienda efectuada por el propio contribuyente?

Buenas tardes: lo que expongo a continuación es una duda que me ha surgido y es un supuesto que no tiene visos en la realidad a día de hoy.

Hago una obra en mi vivienda ampliando la misma, concretamente una habitación. He perdido la factura de la empresa que me hizo el trabajo y no tengo forma alguna de recuperarla. A la hora de vender la vivienda al precio inicial que me costó le puedo sumar los costes de esa ampliación. Como no puedo justificarla Hacienda me responderá negativamente a su adición. Ahora me pregunto, si en lugar de contratar a una empresa, la mejora la hago yo con mis propias manos, la autoconstruyo como he leído en una web, ¿qué valor le asigno a esa ampliación y como puedo justificar la misma ante Hacienda? Digo yo que a la hora de escriturar esa obra nueva antigua, si le digo al Notario que me ha costado los materiales, por ejemplo 500 euros, me mandará a ser puñetas. 
Muchas gracias. 

Da lo mismo si la escrituras por 500 € o por 50.000 €. Para hacienda IRPF, lo que cuenta, en caso de transmisión o amortización si la alquilas, es el coste real sufragado.

Y como costes reales, para realizar esa ampliación, si lo haces bien, necesitarás un Proyecto de obra (eso es un coste y deberás pagarlo), donde a su vez, se refleje el valor de construcción (a efectos de base imponible del impuesto municipal de construcciones (segundo coste que deberás sufragar).
En su momento, harás declaración notarial de obra nueva (puedes utilizar como valor declarado el del proyecto de obra, por ejemplo), que será un tercer coste sufragado real. Y claro, si inscribes esa ampliación en el registro, será un cuarto coste real.
Más todo lo que te cuesten los materiales, y puedas justificar adecuadamente.

La diferencia entre esos costes y el valor real obtenido vendría a ser tu "sueldo invisible". Y claro, o regularizas ese incremento de valor "al momento de construir" (declarando tu propia actividad económica, con su IVA y su RETA), o queda como "valor invisible" que ya tributará, en el caso, al momento de la venta, como una mayor ganancia patrimonial.

Buenas tardes: en primer lugar muchas gracias por tu tiempo para responderme. 

He entendido tu razonamiento, está perfectamente explicado pero voy a exponerlo con un ejemplo: 
Caso de la ampliación de la vivienda, no hay documentación alguna que ampare esta construcción. Se ha hecho ilegal por un señor que es un manitas. Se plantea vender la vivienda en un futuro y se le aconseja que declare esa obra nueva antigua en el Notario y luego se inscriba en el Registro. En la Notaría lo primero que preguntan es qué valor se le asigna a esa ampliación, que debe coincidir con lo que le costó en su día, no valor de mercado actual. Hay que pagar el AJD, por tanto aunque uno pueda poner una cantidad nimia que se acerca bastante a la realidad (los materiales), la Agencia Tributaria puede plantearse que es de risa si la ampliación de una casa en un porcentaje del 40% sale por unos 500€ (coste de los materiales). En este punto como bien dices no reside el problema pues se puede indicar una cantidad "razonable" para escriturar y pagar el correspondiente impuesto.

La mayor pega puede venir luego cuando se quiera vender la vivienda. La Agencia Tributaria puede preguntar por la justificación del valor de esa ampliación y únicamente la respuesta que se le puede dar es la escritura notarial de ampliación de obra y su registro. Es en este punto dónde surge el mayor interrogante pues aún reconociendo que se trata una obra 
ilegal, se desconoce si Hacienda admite una ampliación de obra de la cual en su inicio no hay ninguna factura ni documento amparando la misma, porque el constructor es el propio contribuyente, aunque esto no es óbice tal como indicas, a solicitar la correspondiente licencia de obra y otras autorizaciones pertinentes.  

Reitero mi agradecimiento. Saludos. 

El escenario que expones puede ser un caso perfectamente realista.
Pero a efectos del IRPF, ganancia patrimonial, no altera ni varía lo expuesto.

Supongamos una ampliación de vivienda por la vía ordinaria.
Además de los gastos de legalización comentados, encargas a un constructor que lo realice. 
Pasa una factura de xx.xxx,xx €, que guardas e incorporas como "mayor valor de adquisición".
Ese mismo pago que has realizado, y en el futuro sería gasto deducible, en el momento presente resulta ser volumen de negocio del constructor, que deberá tributar sus impuestos, sean propios o sean salarios de sus trabajadores.

Así pues, algo que para ti será gasto deducible en el futuro, es ya renta sujeta en el presente para hacienda.

Supongamos otra ampliación, realizada de forma irregular y con anonimato por un manitas.
No existe renta sujeta por esa construcción (lo haces en tu tiempo libre, sin darte de alta de autónomo, ni devengar IVA ni nada). 
A su vez, y en correlato, dado que al momento de la construcción no se generó para nadie renta sujeta, tú tampoco tienes nada que te justifique un gasto deducible futuro para el IRPF ganancia patrimonial.

Por lo tanto, al momento de la venta futura tributarás por una mayor ganancia, siendo una parte lo que realmente corresponde por el inmueble original, y la otra por la "ampliación invisible" (los autosalarios que no te pagaste ni tributaste).

O sea, al final hacienda siempre gana, de una u otra manera.

Por supuesto, todo esto solo y respecto del IRPF.

Respecto de otros impuestos, como el ITPAJD, o el arancel notarial, hay que darle algún tipo de valor, a efectos de disponer de una base imponible.
Pero para nada esas valoraciones "a los meros efectos tributarios" vinculan al IRPF.

Totalmente de acuerdo y abundando en el tema:
https://petete.tributos.hacienda.gob.es/consultas/?num_consulta=V1440-22