Duda Presentar declaración rectificativa o contestar Requerimiento

Cometí un error al indicar en situación familiar que mis 2 hijos no conviden con el otro progenitor. Eso ha hecho que me deduzca más por el mínimo por descendiente y me diese a devolver 200 €.  Ahora Hacienda me requiere certificados de empadronamiento históricos para ver si la madre convivía o no con ellos en 2023. 

Esta claro que cometí un error, al subsanarlo en vez de a devolver 200 sale a pagar 400, la duda es, presento la declaración rectificativa y pago lo que me corresponde, y espero que me llegue supongo un nuevo aviso por los intereses que querrán cobrar ?   y luego contesto el requerimiento diciendo que cometí un error, que tienen razón y que lo he subsanado y ya he pagado y aporto el justificante?  O no hago la declaración rectificativa, aporto lo que le piden en el requerimiento y espero que me hagan ellos la declaración rectificativa y me indiquen que hay que pagar además sanciones e intereses ?

No, una vez iniciado el procedimiento (notificado el requerimiento), presentar una nueva declaración ya no vale para casi nada (sólo para dejar de devengar intereses de demora desde la fecha de pago, pero, sobre 400 euros, son céntimos). No evita la sanción, porque no estás regularizando tu "error" voluntariamente, sino porque te han pillado y ya están regularizándote ellos.
Sólo atiende el requerimiento: di que los hijos también convivían con la madre en 2023 y, si, además, vivíais todos juntos, pues dilo también. Si la madre y tú no vivís juntos, pues aporta la sentencia de divorcio o de guardia, custodia y alimentos de hijos no matrimoniales, si existe.
Y espera la siguiente fase del procedimiento, que será una propuesta de cómo queda tu declaración bien hecha.

Gracias por tu respuesta. 
No estamos casados pero sí convivimos juntos con los niños.

¿Qué te pone de "alcance" en el requerimiento? Mínimo por descendientes, claro. Pero ¿También la reducción por tributación conjunta? ¿Y la deducción autonomica por gastos educativos?

Pone exactamente esto:
Con la notificación de la presente comunicación se inicia un procedimiento de gestión tributaria de comprobación limitada, procedimiento que puede finalizar con la práctica de una liquidación provisional. El alcance de este procedimiento se circunscribe a la revisión y comprobación de las incidencias observadas en los datos declarados, y en concreto a los siguientes conceptos: -Comprobar el tipo de tributación elegido, así como que las circunstancias personales y familiares declaradas son correctas. -Comprobar la reducción por tributación conjunta aplicada. -Comprobar el cumplimiento de los requisitos previstos en la normativa del IRPF para la aplicación del mínimo personal y familiar, en concreto el mínimo por descendientes. 

Vale. Pues no te van a tocar la deducción autonómica, aunque esté mal declarada. Te van a cambiar el mínimo por descendientes a la mitad de lo que pusiste y te van a quitar la reducción por tributación conjunta, que es improcedente si hay convivencia entre los padres. Calcula el resultado así, para tener una idea de lo que te sale.

Muchas gracias Enasua, ha sido muy útil tu aportación. Espero que solo recalculen y no metan sanción.

Es difícil que no haya sanción. No obstante, por si hubiera suerte, te conviene acompañar un escrito donde expongas que no has tenido culpa ninguna en ese error.