Las comisiones a las que te refieres, entiendo que entran dentro de la normativa:
Artículo 26. Gastos deducibles y reducciones.
1. Para la determinación del rendimiento neto, se deducirán de los rendimientos íntegros exclusivamente los gastos siguientes:
a.Los gastos de administración y depósito de valores negociables. A estos efectos, se considerarán como gastos de administración y depósito aquellos importes que repercutan las empresas de servicios de inversión, entidades de crédito u otras entidades financieras que, de acuerdo con la Ley 24/1988, de 28 de julio, del Mercado de Valores, tengan por finalidad retribuir la prestación derivada de la realización por cuenta de sus titulares del servicio de depósito de valores representados en forma de títulos o de la administración de valores representados en anotaciones en cuenta.
Ley Impuesto Renta Personas Físicas.
Y si no queda claro que se entiende por "administración y depósito", creo que el siguiente enlace avanza mucho en ello:
http://petete.minhac.es/Scripts/know3.exe/tributos/consulta/texto.htm?Consulta=.EN+Normativa+(Ley)&Pos=5504
del que copio lo que creo más importante como resumen:
"En consecuencia, las comisiones percibidas por las entidades de crédito de sus clientes por el cobro, por cuenta de estos, de los dividendos o cupones generados por los valores, en la medida en que retribuyan una función vinculada directamente con la prestación del servicio de administración y depósito de valores negociables, conforme a lo previsto en la Ley del Mercado de Valores, tendrán cabida dentro del concepto de gastos previsto en el primer párrafo del referido artículo 24.1.a) de la Ley 40/1998 y, por tanto, podrán ser deducidas de los rendimientos íntegros para determinar el rendimiento neto del capital mobiliario."
Saludos.