Pues yo no lo veo así, ya que aunque el TER se descuente antes y está implícito en el VL, hay que tenerlo en cuenta pues son comisiones que se cobran los gestores-comercializadoras a la rentabilidad obtenida de las posiciones en cartera. Es decir, si estos costes los queremos comparar con los costes de las acciones por ejemplo (gastos por operaciones, de custodia, mantenimiento, por cobro de dividendos, IRPF, inflaciones, etc...) si que habría que tener en cuenta tanto las comisiones implícitas como las explicitas de los fondos.
Por otro lado, en el lado positivo está la fiscalidad, ya que ese 21% sería sólo para lo reembolsado, por lo que se tiene que tener en cuenta "los plazos de inversión" para que sea un estudio correcto. Es decir, a más años invertidos en fondos menos costes medios y supongo que el plazo medio de inversión debe ser bastante superior a las de acciones, ya que por ejemplo los fondos pueden ser traspasados sin implicar costes fiscales e infinidad de brokers hacen trading a corto, etc... Por su puesto, luego habría que valorar las inflaciones de los años invertidos, etc... Es decir, no es tan fácil calcular el coste medio de un fondo y una acción, ya que depende de varios factores como el plazo de inversión, la inflación que ha habido durante ese periodo, etc...
Saludos,