Claro que pasa, cuando se tienen recursos humanos limitados, aumentar la carga implica más demoras, entre otros problemas. El dinero no lo resuelve todo. Si no hay personal sanitario suficiente, el dinero no suple esa carencia.
Lo que tienes que hacer es descontar los meses de septiembre a diciembre de 2017 porque están devueltos y lo que resulte es lo que declaras, igual en las retenciones. De todas formas, el SEPE debe darte un certificado donde conste todo ello.
Efectivamente, ese balance no refleja la situación actual porque debería figurar la tesorería y algún pasivo correspondiente.
Supongo que pretende ser el balance de cuando ya hayáis repartido el dinero del banco.
Si no es una cantidad enorme, nadie tendrá confusión.
En todo caso, sea enorme o pequeña, es todo legal, así que no tienes que preocuparte. La cantidad que recibes es devolución de lo que aportaste a la sociedad tanto en forma de capital como posteriores aportaciones. Como lo que recibes es menos de lo aportado no hay renta que declarar.