Lo primero sería verificar que ha sucedido eso. Si se confirma, hay que anular el asiento del cierre de ejercicio, ya que la contabilización en la 120 sólo procede en el momento en que se contabiliza la aplicación de resultados según el acuerdo de la junta de socios.
En mi opinión y a falta de más datos: si la retención es procedente, hay un error en el resultado a pagar. Y si no procede retención, no debería figurar en factura.
Te has explicado perfectamente.
Si la discrepancia es por el importe que indicas (812,64 €) yo no rectificaría nada de años anteriores. Me limitaría a recoger en el último impuesto el balance de liquidación. Por ese importe, Hacienda no dirá nada porque nada hay que "rascar".
Lo correcto es poner el balance de liquidación. En los anteriores no hay nada que modificar si lo incluido en el 200 coincide con las cuentas anuales que, supongo, se hicieron.
Si hubo amonestación, dudo mucho que sea falta muy grave. Habría que ver tu convenio colectivo y la carta que te mandaron.
Lo mejor es que consultes con un abogado o con un sindicato.